Początki placówki sięgają 1926 roku. To wtedy Kolejowa Kasa Chorych postanowiła wybudować dom wypoczynkowy dla swoich pracowników. Z uwagi na trudności z hospitalizacją chorych na gruźlicę kolejarzy i ich rodzin, w trakcie budowy zmieniono plany. Na malowniczym stoku Magurki, zamiast domu wypoczynkowego powstało 120-łóżkowe Sanatorium Przeciwgruźlicze. Oddano je w listopadzie 1930 roku. Do wojny przyjmowało po 300-400 chorych rocznie.

Jak wynika z materiałów archiwalnych placówki, początkowo, z powodu braku leków zwalczających przyczynę choroby, podstawowymi metodami leczniczymi było wielogodzinne leżakowanie w śpiworach na balkonach i werandach, wysokokaloryczne odżywianie oraz zażywanie tranu i preparatów witaminowych. Sanatorium prowadziło nawet gospodarstwo rolne z hodowlą trzody i krów. W czasie wojny okupant urządził w sanatorium dom wypoczynkowy, a później – ośrodek rehabilitacyjny dla rannych żołnierzy. Działalność sanatorium wznowiono już jesienią 1945 roku, z nowymi na ówczesne czasy metodami leczenia. Pod koniec lat pięćdziesiątych wprowadzono chemioterapię przeciwprątkową, a w laboratorium opracowano pełny zakres badań bakteriologicznych. Efekty leczenia były bardzo dobre, liczba chorych na prątkującą gruźlicę spadała. Wśród pacjentów zaczęły przeważać osoby z różnymi schorzeniami układu oddechowego i internistycznymi, więc w 1975 roku utworzono 45-łóżkowy szpitalny oddział wewnętrzny.

Przez cały czas, niemal od powstania, placówka była rozbudowywana i modernizowana. Do najważniejszych należy oddanie nowego skrzydła budynku w 1960 roku, dzięki czemu zwiększono ilość łóżek do 250, a liczbę leczonych – do 500-600 rocznie. Dwadzieścia lat później oddano do użytku pawilon kuchenny z zapleczem magazynowym, stołówką i garażami. Placówka doczekała się nawet 50-łóżkowego oddziału rehabilitacyjnego w Nierodzimiu dla osób ze schorzeniami układu kostno-stawowego, który przetrwał 12 lat, do 2000 roku. W kolejnych latach remontowano budynek sanatorium – wymieniono między innymi pokrycie dachu i instalacje, przebudowano wiele pomieszczeń.

W 1985 roku w miejsce Sanatorium Przeciwgruźliczego powołano Szpital Kolejowy. W 1998 roku, wskutek reform w służbie zdrowia, placówka została Samodzielnym Publicznym Zakładem Opieki Zdrowotnej. Zachowano jednak nazwę Szpital Kolejowy jako symbol ciągłości i wysokiej jakości świadczonych usług medycznych. Po powstaniu kas chorych Szpital zawarł umowy z kasami Śląską oraz Branżową i coraz częściej przyjmował pacjentów spoza kolejowej branży.

Szpital się rozwija. Wymieniono aparaturę medyczną, rozpoczęto informatyzację szpitala, utworzono nowe oddziały, poradnie i pracownie. Oddziały uzyskały akredytację Ministerstwa Zdrowia na prowadzenie specjalizacji i staży kierunkowych, szpital współpracuje również z okolicznymi uczelniami. W czerwcu 2011 roku rozpoczęto wdrażanie dwóch programów jakości: akredytację szpitala oraz ISO 9001:2008.

Dziś w Szpitalu działają oddziały: wewnętrzny, oddział medycyny paliatywnej, pulmonologiczny, rehabilitacji ogólnoustrojowej, rehabilitacji neurologicznej. Wśród poradni specjalistycznych działają pulmonologiczna, kardiologiczna, neurologiczna, rehabilitacyjna oraz medycyny paliatywnej. Szpital udziela świadczeń zdrowotnych w ramach umów z Narodowym Funduszem Zdrowia dla mieszkańców województwa śląskiego i ościennych.

Szpital obecnie posiada certyfikat ISO 9001:2015.